Intussen gingen de ontginningen en bedijkingen door; inmiddels ook in de meer brakke en zoute delen van het estuarium waar met de hogere en veiliger dijken het zoute water redelijk (semi) permanent  kon worden  uitgebannen ten bate van  gebiedseigen regen water. De dijkbouw haalde het echter nog niet bij die van vandaag. Bij stormvloeden  en/of hoge rivier afvoeren kwamen regelmatig dijkdoorbraken voor, Zo viel de Zwijndrechtse waard vrij spoedig na de eerst bedijkingen weer ten offer aan zulke rampen (Pons 2006).
De geschiedenis van de Zeeuwse eilanden in het brakke en zoute deel van het estuarium bleef er een van  vallen en weer opstaan (Luctor et emergo).
Ook de Zuid-Hollandse waard had regelmatig te maken met doorbraken.
In tijden van goed bestuur konden die snel worden hersteld met name om dat het overstromingswater meestal zoet was en weinig schade aan bodem en gewas deed. Waterbouwkundig inzicht moest ook groeien. Zo besefte men in de 15 ^e en 16^e eeuw al wel dat, men de rivier voldoende ruimte moest gunnen om water  te kunnen bergen om zo dijkdoorbraken  te voorkomen.

De dijkgraaf van Tiel een late tijdgenoot van de gevolgen  van de laatste, een ieder wel bekende St Elisabethsvloed van 1421, weet de ramp mede aan het zondigen tegen die regel van ruimte voor de rivier.
Het scheppen van die ruimte in dat gebied echter was geen eenvoudige zaak. Het betrof rivieren en kreken met relatief smalle zandige en kleiige grond tussen grote
klei-op-veen gebieden. De dorpen en steden en het akkerland die men wilde beschermen lagen juist op die smalle oeverwallen die van de rivier af snel overgingen in gebieden met een veenige ondergrond die een slecht fundament biedt voor zware dijken. Ruimte voor dijken concurreerde zo  met de ruimte die men juist wilde beschermen t.b.v landbouw en urbanisatie.

Een alles beheersend aspect ligt echter in de natuur van de lage landen aan de rijzende zee. De geniale uitvinding van de klepduiker, de sleutel van de beschaving van de Lage landen, blijkt nu tevens een  hoofdfactor bij de rampspoed. Immers de daardoor verbeterde drainage veroorzaakt inklinking van zowel de bodem, destemeer naarmate die meer organische stof bevat. In het geval van puur veen kan als gevolg van oxidatie de veen bodem geheel verdwijnen.

De jonge minerale bodems in het Zoetwatergetijdengebied hebben een hoger organische stof gehalte en klinken daardoor sterker dan de in zout water afgezette sedimenten. ( Zie  Zonneveld 1960, Pons & Zonneveld 1965). Bij de natuurlijke ontwikkeling werken die factoren ook maar langzamer en worden gecompenseerd  door opslibbing bij elke vloed of accumulatie van constant doorgroeiende veenvormende vegetatie, waardoor het land oppervlak (maaiveld) ondanks inklinking van de bodem op gelijke hoogte blijft of zelfs mee stijgt met de gemiddelde zeespiegel rijzing ( zie Zonneveld 1960 en 2000).
De woonplaatsen van de eerst Neolithische Vlaardingers liggen thans dan ook meters lager dan de hoogte van de zeespiegel ten tijde van de bewoning. Die compensatie valt weg door verhindering van de overspoeling door hoge dijken of verwijdering of vervanging van de veenvormende vegetatie.

Reeds voór de uitvinding van de polderbemaling door windmolens en later stoom en electrische stroom, werkte de drainage bij laagwater via klepduikers, reeds versnellend. Zo kon reeds voordat ca 1500 de windmolens algemeen in gebruik kwamen, de bodem van de ingepolderde waarden reeds aanzienlijk gezakt zijn. Hoe lager hoe groter de schade door dijkbreuk, hoe moeilijker de reparatie. Wordt vervolgd.